Damat İbrahim Paşa ile eşi Fatma Sultan (III. Selim'in kızı) tarafından saraylarının yanında, metruk haldeki Terzibaşı Piri Ağa Mescidi'nin yerine inşa edilen cami, geçirdiği yangınların ardından II. Mahmut döneminde yeniden ihya edilmiş, minaresi kesme taştan yapılmış ve mahfil katı bu dönemde eklenmişti.
İstanbul Valiliği'nin "Yadigâr" projesi kapsamında yürütülen restorasyon çalışmaları, İstanbul Valiliği Yatırım İzleme ve Koordinasyon Başkanlığı (YİKOB) tarafından aslına uygun şekilde gerçekleştirildi.
Restorasyon sürecinde cami, idari bina, sergi ve kütüphane alanları onaylı rekonstrüksiyon projesine uygun biçimde restore edildi. Minare, çelik konstrüksiyon üzerine taş kaplama olarak inşa edilirken, cami duvarları lamine ahşap elemanlarla karkas sistemi oluşturularak güçlendirildi. Duvarlardaki tüm kalem işi süslemeler orijinaline uygun şekilde yeniden yapıldı. Ayrıca sergi ve kütüphane alanında yükseltilmiş ahşap döşeme uygulandı ve kazı sonrası ortaya çıkan kalıntılar korunarak gerekli temizlik ve koruma çalışmaları tamamlandı.
İstanbul Valiliği, "Yadigâr" projesi ile tarihi eserleri ve medeniyet mirasını geleceğe taşımayı, ecdada vefa göstermeyi ve güçlü bir kültürel miras bırakmayı sürdürüyor.